Весной 1942г. проходил переобучение на самолет North American B-25 Mitchell. Зачислен в 125 бомбардировочный авиаполк на должность воздушного стрелка-радиста. Командир полка- подполковник Ульяновский Сергей Алексеевич.

С 01 августа 1942г. полк базировался на аэродроме Чкаловское (Московская обл.). Экипаж: командир корабля лейтенант Детков Петр Алексеевич, правый летчик сержант Ершов Анатолий Петрович, штурман лейтенант Соколовский Константин Прохорович, стрелок-радист старший сержант Вагин Николай Егорович, стрелок сержант Фролов Алексей Михайлович.

29 сентября 1942г. полк переведен в состав авиации дальнего действия, переименован в 125 авиаполк дальнего действия.

30 сентября 1942г. экипаж участвовал в бомбардировке железнодорожного узла Вязьма.

23 октября 1942г. экипаж участвовал в налете на железнодорожный узел Смоленск.

В ночь на 30 октября 1942г.- на аэродром Витебск.

16 декабря 1942г. при взлете на боевое задание в район Сычевка, лопнула камера колеса. Командир корабля решил продолжать полет. Экипаж отбомбился и успешно вернулся на свой аэродром.

К 18 декабря 1942г. старший сержант Вагин совершил 44 успешных боевых вылетов ночью, представлен к ордену Отечественной войны I степени. Приказом от 12 марта 1943г. награжден орденом Красной Звезды.

Штурманом корабля назначен старший лейтенант Красавин Тимофей Михайлович, пилотом сержант Андреев Тимофей Никитович.

26 марта 1943г.- экипаж бомбардировал железнодорожный узел Гомель.

28 марта 1943г. полку присвоено почетное наименование «гвардейский», полк преобразован в 15 гвардейский авиационный полк дальнего действия.

Николаю Егоровичу присвоено звание старшина.

В ночь на 15, и на 29 апреля 1943г. экипаж участвовал в бомбардировке промышленных и военных объектов в г.Кенигсберг.

16 марта 1943г.- объектов в г.Тильзит.

29 апреля 1943г.- в г.Инстербург.

10 мая 1943г. экипаж бомбардировал железнодорожный узел Киев.

01 июня 1943г. железнодорожную станцию Красный Бор.

К 30 июня 1943г. гвардии старшина Вагин совершил еще 54 успешных боевых вылетов ночью (общее количество- 98), представлен к ордену Отечественной войны II степени. Приказ о награждении от 08 августа 1943г.

В ночь на 01 сентября 1943г. экипаж самолета №648: командир корабля гвардии старший лейтенант Детков Петр Алексеевич (148 боевых вылетов, боевой налет 545 часов), правый летчик гвардии младший лейтенант Ширшов Геннадий Александрович, штурман гвардии старший лейтенант Красавин Тимофей Михайлович, стрелок радист гвардии старшина Вагин Николай Егорович, стрелок гвардии сержант Фролов Алексей Михайлович, вылетел на фотографирование результатов бомбардировки аэродрома Боровское. Работу по радио на передачу экипаж не вел, согласно распоряжению. С боевого задания не вернулся.