Воевал в составе 1122 стрелкового полка 334 стрелковой дивизии.

Был ранен 27 июня 1942г.

01 ноября 1942г. из военной комендатуры прибыл на Московский военно-пересыльный пункт.

02 ноября направлен на сборный пункт Московского горвоенкомата.

06 ноября 1942г. в составе команды военнослужащих направлен до станции Сухиничи в 8 мотострелковую бригаду 9 танкового корпуса.

Назначен старшим писарем отдела тыла 9 танкового корпуса.

Участник Курской битвы.

Участник боев бригады по расширению плацдарма на правом берегу р.Днепр.

Летом 1944г. корпус прошел с боями от Бобруйска до Бреста, участвовала в освобождении Польши.

В январе-феврале 1945г. части корпуса прошли с боями от Вислы до Одера.

В период зимних боев Сергей Филиппович исполнял обязанности начальника вещевого снабжения. Получил от командования 9 благодарностей.

Приказом от 13 марта 1945г. старшина Субботин был награжден орденом Красной Звезды.

В апреле 1945г. участвовал в Берлинской операции и штурме Берлина.

Награжден медалями «Зв освобождение Варшавы», «За взятие Берлина», «За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941–1945 гг.».

Демобилизован 03 июня 1946г.