В советско-финской  войне 1939 – 1940 годов был комиссаром эскадрильи, а в 1941 году былнаправлен в город  Канск.

В начальный период Великой Отечественной войны – комиссар эскадрильи. Служил в Академии.

Шинкоренко Сергей Иванович участвовал в Московской и Сталинградской битвах, воевал на Карельском фронте

В самый трудный период в истории нашего Отечества – в октябре 1941 года напряжение было неописуемое, стояли самые сложные дни. Враг подошел к 12 км до Москвы. Вся имеющая техника, танки, автомобили были брошены на защиту столицы. А отборные части Красной армии стояли у стен Кремля. В конце ноября – в начале декабря установились жесточайшие морозы, когда температура воздуха днем опускалась до – 45 * С.    

В марте 1942 года в районе карело – финского фронта во время воздушного боя был ранен, а самолёт подбит противником. Сергей Иванович успел в последний момент выпрыгнуть из самолёта.

Так в марте  в тяжелых условиях, преодолевая все мыслимые и немыслимые усилия, Сергей Иванович 40 дней полз по карельской тайге. Выжил, питался берёзовой корой, клюквой.

Семья получила известие о том, что Сергей Иванович пропал без вести.

В середине апреля 1942 года он, обессиленный вышел к партизанам. 

После лечения в госпитале был награждён за проявленное мужество и героизм был награждён орденом Красной Звезды.

Орден Сергею Ивановичу вручил лично «Всесоюзный староста» Михаил Иванович Калинин. 

В Сталинградской битве лучшие сибирские части стояли у стен тракторного завода, не пустив гитлеровцев на противоположный берег Волги.

С 1943 года - комиссар 3 гвардейского Московского, Сталинградского, Севастопольского, Берлинского авиационного полка.

В феврале 1945 года в Рязани сопровождал экипажи дальнего действия тяжёлых бомбардировщиков.

9 мая 1945 годазакончил войну в Берлине, у стен Рейхстага. 

          Сейчас, самолёт на котором летал Сергей Иванович установлен на вечной стоянке в музее авиационного полка в городе Самаре.

В 1946 году служил на Украине, учился в Высшей офицерской школе.   

В 1948 г. был демобилизован.