С 21 июля 1941г. началось формирование 2 авиационного полка дальней разведки. На вооружении полк имел самолеты Пе-2 и Пе-3. Базировался на аэродроме Монино. Командир полка- подполковник Тюрин Трофим Романович.

Борис Васильевич был назначен механиком авиационным 3 авиаэскадрильи полка.

Командиром эскадрильи был капитан Климанов Алексей Иванович. Когда он вместе со штурманом эскадрильи капитаном Политыкиным Василием Константиновичем не вернулся с боевого вылета 14 декабря 1941г., командиром эскадрильи был назначен капитан Дмитриев Павел Дмитриевич.

В начале 1942г. на базе 3 авиаэскадрильи была создана оперативная группа полка. Аэродром оперативной группы, действовавшей на Северо-Западном (Ленинградском) фронте, находился в районе Валдая. Командовал группой капитан Дмитриев.

08 февраля 1943г. полк был преобразован в 47 гвардейский авиационный полк дальних разведчиков.

Командиром 3 авиаэскадрильи был назначен гвардии капитан Малютин Михаил Васильевич.

К концу апреля 1944г. Борис Васильевич подготовил самолеты эскадрильи к 180 боевым и 80 учебно-тренировочным вылетам. Участвовал в смене в полевых условиях 14 авиамоторов.

Приказом от 29 апреля 1944г. старший авиационный механик гвардии старший сержант технической службы Щербаков был награжден медалью «За боевые заслуги».

К концу войны подготовил самолеты эскадрильи еще к 108 боевым и 60 учебно-тренировочным вылетам. Участвовал в смене в полевых условиях 8 авиамоторов.

Приказом от 21 июля 1945г. был награжден орденом Красной Звезды.

Награжден медалями «За взятие Кенигсберга», «За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941-1945 гг.».