Демобилизовавшись в 1947 году Михаил Протопопов приезжает в Вологду, где его назначают народным следователем прокуратуры Октябрьского района города. Через год его переводят в областную прокуратуру: сначала старшим следователем, а затем прокурором отдела по надзору за местами заключения, прокурор отдела общего надзора. В 1958 году его переводят на работу в областной совет профсоюзов, но уже в 1962 году Михаил Протопопов возвращается в прокуратуру занимает пост заместителя прокурора города Вологды. В мае 1967 года его назначают прокурором Череповца. Через три года здоровье фронтовика резко ухудшается и Михаил Федорович уходит из органов прокуратуры.