Младший лейтенант Пескишев служил в составе 250 тяжелого бомбардировочного авиаполка.

К началу войны полк базировался в г.Чита.

В начале июля 1941г. переброшен в район г.Ворошиловград (Луганск).

Полк выполнял задания по бомбардировке войск противника и доставке грузов окруженным частям.

С января по май 1942г. полк совершал ночные вылета, доставляя грузы в районы базирования партизанских отрядов в Крыму.

С апреля полк именовался 250 авиационный полк дальнего действия.

Летал в составе экипажа старшего лейтенанта Матеева Ивана Федоровича (Указом Президиума ВС СССР от 18 августа 1942г. присвоено звание Герой Советского Союза).

За год войны совершил 110 успешных боевых вылетов.

Указом Президиума ВС СССР от 20 июня 1942г. лейтенант Пекишев был награжден орденом Красного Знамени.

23 июня 1942г. экипаж самолета ТБ-3: командир отряда старший лейтенант Матеев Иван Федорович, пилот лейтенант Пескишев Матвей Петрович, штурман отряда старший лейтенант Черепнев Сергей Михайлович, техник авиационный бортовой старший техник-лейтенант Дятлов Александр Никитич, бортовой механик старший техник-лейтенант Львов Иван Николаевич воздушный стрелок-радист старшина Ухлин Александр Федорович, воздушные стрелки старший сержант Голубь Терентий Леонтьевич и  сержант Кудрявцев Виктор Петрович- бомбил скопление механизированных подразделений противника в г.Волчанск. Самолет, пойманный лучами прожекторов, был обстрелян зенитной артиллерией. От прямого попадания в кабине радиста возник пожар, который стал распространяться на плоскость, к бензобаку. Сбросив половину бомб, экипаж вышел из зоны огня, приступив к тушению пожара. Зная, что в самолете еще остались бомбы, командир развернул корабль и повел на цель. Прямым попаданием зенитного снаряда был разбит четвертый мотор. Сбросив бомбы, командир повел машину к линии фронта. Экипаж сумел потушить пожар. На трех моторах самолет благополучно сел на свой аэродром.

Указом Президиума ВС СССР от 18 августа 1942г. лейтенант Пекишев был награжден орденом Отечественной войны I степени.

17 августа 1942г. полку присвоено звание гвардейский, преобразован в 4 гвардейский авиационный полк дальнего действия.

26 августа 1942г. экипаж: командир корабля старший лейтенант Садырин Павел Григорьевич, пилот лейтенант Пескишев Матвей Петрович, штурман отряда старший лейтенант Пазеха Иван Минаевич, техник авиационный бортовой старший техник-лейтенант Сидоров Георгий Митрофанович, воздушный стрелок- радист старший сержант Михайленко Иван Захарович, механик авиационный бортовой старший сержант Булатов Михаил Егорович, воздушные стрелки старшие сержанты Казанин Борис Александрович и Бездельев Федор Павлович не вернулся с боевого задания.