С начала войны Малафеев Аркадий Евгеньевич, работая мастером на Сокольском ЦБК, выпускающем продукцию для нужд фронта, обучал молодых специалисто, имел бронь.  Призван на фронт был в феврале 1943 года. Служил в 6 гвардейской танковой армии, с которой прошел славный боевой путь через Украину, Молдавию, Румынию, Венгрию, Чехословакию, Китай. Закончил войну в Японии в сентябре 1945 года. За боевые заслуги награжден Орденом Красного Знамени и другими боевыми наградами, в числе которых 15 благодарностей товарища Сталина И.В., объявленные за отвагу, мужество и мастерство, проявленные за взятиеЗвенигородка, Умань, Могилева-Подольского (Украина), за форсирование реки Днестр и взятие г. Бельцы (Молдавия), за взятие г. Васлуй, за взятие г. Фокшаны (Румыния), за взятие г. Плоешти (Румыния), за разгром группировки и вступление в г. Бухарест (Румыния), за взятие г. Дебрецен (Венгрия), за форсирование реки Дунай, за взятие г. Будапешт (Венгрия), за взятие г. Вены (Австрия), за взятие г. Брно (Чехословакия), за овладение городом Яроменец (Чехословакия), за форсирование Большого Хингана (Китай) и взятие г. Мугден (Китай). Демобилизован из армии в октябре 1945 года.