Сергей Яковлевич Макаренков участвовал в обороне города Ленинграда, воевал в партизанском отряде.  Сергей Яковлевич в  1941 году был назначен командиром взвода особого 95-го партизанского отряда от  Ленинградской железной дороги. Он оперировал  Оредежским и Батецким районами Ленинградской области. В 1942-1945 годах  был назначен помощником начальника вооруженной команды 2-го отряда военизированной охраны, затем был начальником вооруженной команды 2-го отряда военизированной охраны Ярославской железной дороги, позже начальником боепитания Ярославской железной дороги г. Ярославля. В 1945 году воевал заместителем НОР-2 по службе Латвийской железной дороги. Сергей Яковлевич участвовал в партизанском движении, был командиром отряда. О его жизни в военные годы, участии в партизанском движении в Ленинградской области описано в книгах «Дновская быль», «Гроза над Оредежем» И.И. Исакова, Г.Г Светлова и К.Е. Школьникова «В квадрате 28-31». В 1984 году фильмы об этом партизанском отряде снимались в г. Ленинграде. Сергей Яковлевич помещен в список защитников г. Ленинграда, он – почетный гражданин г. Ленинграда.  Сергей Яковлевич был награжден:  медалью «За оборону Ленинграда» - за участие в героической обороне Ленинграда; медалью «За Победу над Германией 1941-1945гг»;  юбилейными медалями 25, 30, 50, 60 лет Победы в Великой Отечественной войне; юбилейными медалями 50, 60, 70 лет Вооруженных Сил СССР; медалью Жукова;  Орденом Отечественной Войны 1 степени;  нагрудным знаком Сталинского призыва; знаком Фронтовик 1941-1945 г.г.;  медалью «За доблестный труд в Великой Отечественной войне 1941-1945г.г.».