Участвовал в Великой Отечественной войне с немецкими захватчиками с февраля 1942 года на Ленинградском фронте, а затем на Северо-западном, Калининском и 1-ом Белорусском фронтах. В качестве воздушного стрелка 70-го Гвардейского Белорусского Штурмового Авиационного полка 6-й воздушной Армии 1-го Белорусского фронта неоднократно производил успешные боевые вылеты на штурмовике Ил-2, в которых проявил себя умелым и решительным воином. Отлично зная своё оружие, грамотно и умело использовал его на поле боя. Внимателен в воздухе, своевременно докладывал пилоту о всех изменениях в воздушной обстановке. В воздушных боях с истребителями противника смело отражал атаки врага и сам вёл прицельный огонь из пулемёта. Так, в боевом вылете 27 апреля 1944 года при отходе от цели группа наших ИЛ-ов была атакована десятью истребителями фашистов. Самолёт, где находился воздушным стрелком Лишута С.Д. был сильно повреждён, стал трудноуправляемым и на него сразу устремились несколько немецких истребителей. Но воздушный стрелок Лишута отражал атаки одну за другой и когда немецкий истребитель Мессершмитт-109 оказался в зоне действительного огня его пулемёта, он меткой очередью прошил фашистского истребителя. Истребитель загорелся и врезался в землю. Сам товарищ Лишута в этом воздушном бою был ранен в голову и ногу, но и раненый продолжал вести бой, кровь сильно текла из раны в голове и заливала ему глаза и это затрудняло ему вести прицельный огонь из пулемёта по вражеским истребителям. За отличное выполнение боевых заданий и проявленные при этом мужество и отвагу за этот подвиг был награждён орденом "Слава" третьей степени.
10 июля 1944 года в боевом вылете в боях за Польшу, самолёт Ил-2, где находился воздушным стрелком Лишута С.Д. был атакован несколькими немецкими истребителями. В неравном бою воздушный стрелок Лишута С.Д. сбил немецкий истребитель Мессершмитт-109, но пилот Ил-2 в этом бою получил смертельные ранения, а самолёт был подбит, загорелся и стал терять высоту. Гвардии старший сержант Лишута С.Д., раненный осколками снаряда в спину, голову и ногу, имея многочисленные ожоги тела, находясь ещё в сознании, выпрыгнул с парашютом из горящего и сбитого Ил-2. После этого боя гвардии старший сержант Лишута С.Д. числился пропавшим без вести в Именном списке безвозвратных потерь личного состава 3-го Гвардейской Штурмовой авиационной Валдайско-Ковельской дивизии.

Однако, гвардии старший сержант Лишута С.Д., приземлившись на парашюте в фронтовой полосе, израненный и обгоревший 10 дней пробирался к своим. В лесу он встретил польских партизан и они оказали ему помощь и передали его командованию Красной Армии. За проявленные мужество и отвагу за этот подвиг Лишута С.Д. был награждён орденом "Слава" второй степени. Великую Отечественную войну окончил в Берлине.
За проявленные мужество и отвагу в Великой Отечественной Войне Лишута Степан Данилович награждён двумя орденами "Слава" второй и третьей степени, орденом "Красной Звезды", орденом "Отечественной Войны" первой степени, медалью "За отвагу", медалью "За освобождение Варшавы", медалью "За взятие Берлина", медалью "За победу над Германией", медалью "Жукова" и многими другими Правительственными наградами.