Василий Ермаченков родился 1 апреля 1906 года в городе Износки, Калужская область. В 1919 году окончил семилетнюю школу. Затем работал столяром в железнодорожной мастерской и учился в школе рабочей молодежи. В 1925 году вступил в Коммунистическую партию, работал в уездном совете и в суде. В сентябре 1930 года поступил в Московский электротехникум.

В мае 1931 года Ермаченков вступил в Рабоче-Крестьянскую Красную Армию, направлен в Первую военную школу летчиков, которую окончил в июле 1932 года. С августа являлся пилотом 74-й, затем 32-й эскадрильи. С декабря 1933 года занимал должность командира звена, с августа 1937 года - отряда, с января 1938 года - 32-й эскадрильи Балтийского флота.

В мае Василий Ермаченков назначен командиром авиабригады Тихоокеанского флота. Принимал участие в боях у озера Хасан, затем дослужился до заместителя командующего Военно-воздушных сил Тихоокеанского флота. В октябре 1939 года стал командующим ВВС Балтийского флота. Участвовал в Советско-финской войне. Командуя флотом, одновременно учился на Курсах по усовершенствованию высшего начальствующего состава при Военно-морской академии имени Кузнецова.

В начале Великой Отечественной войны Василий Васильевич находился на той же должности, а в июле 1941 года стал заместителем командующего ВВС Черноморского флота. После гибели Н. А. Острякова, с мая 1942 года и до конца войны являлся командующим Военно-воздушных сил Черноморского флота. Одновременно некоторое время занимал должность командующего ВВС Севастопольского оборонительного района.

Ермаченков участвовал в обороне Одессы, обороне Севастополя, обороне Крыма, Керченско-Феодосийской десантной операции, битве за Кавказ, Новороссийско-Таманской операции, Керченско-Эльтигенской десантной операции, Крымской операции и Ясско-Кишинёвской операции. В мае 1944 года награжден орденом Ушакова I степени за успешные действия при освобождении Крыма.

После войны с июня 1945 года Василий Ермаченков являлся начальником штаба и заместителем командующего. В мае 1946 года стал первым заместителем командующего Военно-воздушных сил Военно-морских сил. С марта 1947 года учился в Военно-Воздушной Академии имени Гагарина, успел прослушать один курс, в декабре уволен в запас. 

Ермаченков являлся начальником аэропорта Быково в Москве, затем восстановлен в кадрах Военно-морских силах. С мая 1949 года занимал должность помощника командующего 45-й воздушной армией, затем 29-й воздушной армией Забайкальского военного округа. В июне 1952 года назначен заместителем начальника воздушного факультета Военно-Воздушной Академии. С сентября 1955 года находился в распоряжении главкома Военно-морских сил. Затем стал помощником начальника Противовоздушной обороны ВМФ по радиотехническим войскам.

С 1956 года Василий Васильевич являлся начальником института № 15 Военно-морских сил. В сентябре 1958 года назначен начальником института ВВС СА. В апреле 1961 года находился в распоряжении главкома Военно-морских сил. В августе стал научным консультантом института № 14 Военно-морского флота.

Василий Васильевич Ермаченков трагически погиб 2 июня 1963 года. Похоронен на Серафимовском кладбище в Санкт-Петербурге.